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網絡數據可視化與分析利器：Gephi 中文教程 ( 簡體 字) |
| 作者：劉勇,杜一 | 類別：1. -> 程式設計 -> 綜合 |
| 譯者： |
| 出版社：電子工業出版社 |  3dWoo書號： 45804
詢問書籍請說出此書號！【缺書】
NT售價： 395 元 |
| 出版日：1/1/2017 |
| 頁數：312 |
| 光碟數：0 |
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站長推薦：   |
| 印刷：全彩印刷 | 語系： ( 簡體 版 ) |
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| ISBN：9787121299711 |
| 作者序 | 譯者序 | 前言 | 內容簡介 | 目錄 | 序 |
| (簡體書上所述之下載連結耗時費功, 恕不適用在台灣, 若讀者需要請自行嘗試, 恕不保證) |
| 作者序： |
| 譯者序： |
前言：推薦序1
I created the very first version of Gephi in Paris in 2007, while working in an institution called “Maison des Sciences de l’Homme” (the House of the Human Sciences). I was the only engineer of the lab and together with sociologists like Dana Diminescu we were facing difficult problems. We wanted to harvest specific areas of the World Wild Web, visualize them, and analyze them. But we could not find a suitable instrument, and so we decided to make one by ourselves. It was a little bit crazy but we were enthusiastic about this completely new challenge.
I drew inspiration from other works like Eytan Adar’s GUESS and the wellknown PAJEK software, but with a crucial difference: I focused on manipulability.I wanted to offer the possibility of “touching” networks, as if they were a physicalthing. I believed that making networks handy was the only way to allow sociologists to explore our data. Dana accepted to play the role of “guinea pig” and I started to develop a prototype. Results were promising and we had the chance to get help from other engineers like Mathieu Bastian, who quickly became the most important person of the project: its lead developer.
Together we created much more than a simple tool. We created a complete open source software package with a sustainable architecture, a graphical user interface supporting different languages, and a multi-platform installer. We created a website allowing anyone to download it for free (gephi.org). We wrote academic papers and presented Gephi at international conferences. Eventually Gephi became used by scholars worldwide, in various disciplines, and has been downloaded more than a million times. Gephi is a living, breathing community and by holding this book in your hands, you are a part of it.
Gephi is now bigger than Dana, Mathieu, or me. None of us could have done it on his own, and we had to face the difficult transition from a small-scale challenge to an international project. Gephi’s unexpected worldwide success was a source of joy as well as apprehension. How could you avoid disappointing so many people? It was both tiresome to fix long lists of issues, but also a relief to release new versions. We felt the strain of getting feedback from frustrated users, but also the excitement of discovering new plugins or tutorials from the community. Above all, we felt proud that so many people were willing to contribute to the Gephi source code, the website and the documentation, because it meant
that they accepted to be part of the adventure. Gephi now also belongs to them.
For this reason I am honored to introduce you to this book, and I warmly thank Ooof for his efforts. He has won my utmost respect. This complete Gephi manual is the first of its kind in simplified Chinese, and will help you to understand how to use it from the basics to the most advanced features. It was written with the help of Yi Du, the prominent member of the community who developed the Twitter plugin (he deserves many thanks and recognition). A friend helped me to read it (since I do not read Chinese) and I realized that its 16 chapters cover each and every aspect of Gephi with detailed explanations and plenty of screenshots.
Gephi is not as refined as commercial software, and it can be painful to use it if you ignore its many little problems and how to overcome them. You can learn Gephi by yourself but this book will make your life easier in addition to expanding your skills and knowledge in network analysis. Whether you are a beginner or an experienced user, I believe that you will find it an interesting read.
In this book you will find practical help such as an installation tutorial, a presentation of the interface, where to find plugins, examples of the different file formats (GEXF, CSV…), and even advanced features like dynamic networks and coding with the Gephi Toolkit. But more importantly, you will find a methodological assistance in the key steps of network analysis: why and how to use a layout algorithm, how to explore the network by filtering it, and how to properly use statistics like the PageRank or betweenness centrality. Gephi is not a “black box” providing you with a ready-made analysis, it is an exploration tool intended to support your own interpretative process. For this reason, it is very important to understand how the different features of Gephi help you making sense of your data.This is the most important mission fulfilled by this book.
Once you master the different aspects of Gephi, once you know how to delineate and compare the clusters of your network, once you can identify bridges and central nodes, once you are used to spend hours filtering your networks every possible way to understand their structure, then you will be able to “read” your networks as if they were regular maps. At this point, however, remember that we designed Gephi as an exploratory tool, and not as a map-making tool - despite including such features. Even if you understand an image of your network, most of the time others cannot because they do not have your knowledge. Gephi is more suited to manipulating your network in order to discover patterns than to build a clean and understandable image, which is often impossible. Gephi is like a microscope, except it looks into the complex rather than the miniscule. It is not a camera, it is a discovery tool. And as with any instrument designed to explore the world, your initial feeling may be a childish desire to play with it, purely for the experience it offers. In that case, know that I encourage you to do so! Playing is the first stage of getting familiar with a new technology. For all the following steps, you have this book.
I wish you a pleasant and instructive reading, and a lot of fun and exploration with Gephi.
Mathieu Jacomy
@jacomyma
2007 年我在巴黎人文科學中心1 工作的時候開發了Gephi 的第一個版本。那時我是實驗室里唯一的一名工程師，與我合作的是像Dana Diminescu2 一樣的社會學家。當時我們遇到了一個問題，我們想從互聯網上收集一些特定領域的信息，并對它們進行分析和可視化。但是我們沒有找到合適的工具來幫助我們完成這個任務。因此，我們決定自己開發這樣一個工具。這聽上去有些瘋狂，但我們對這個新的挑戰都充滿熱情！
我從Eytan Adar3 開發的GUESS4 和當時的知名軟件PAJEK5 那里得到了一些靈感，但是有一個非常關鍵的區別，那就是我們更關注可操作性。我想提供讓使用者像觸碰物體一樣“觸碰”網絡的可能。我堅信讓網絡更容易操縱是讓社會學家探索數據的唯一方式。Dana 同意當我們的“小白鼠”，然后我著手開發原型系統。最終的結果非常令人滿意，而且在開發原型的過程中，我們得到了其他工程師的幫助。其中一位就是Mathieu Bastian6，他也很快變成了這個項目的首席開發者。
我們在一起合作，開發出的不僅僅是一個小工具，而是一個完整的開源軟件。這個軟件具有易于使用的圖形用戶界面、支持多國語言、支持多種操作系統，且易于安裝。我們制作了一個官方網站（gephi.org），還基于該軟件撰寫了一些學術文章，并在一些國際會議上展示了Gephi。最終，全球各個研究領域的科學家開始使用Gephi，目前已經超過了100 萬的下載量。最重要的是，Gephi 仍然是一個活躍的社區，一旦你擁有了這本書，你就成為了這個社區的一員。
Gephi 現在的發展遠遠超過了Dana、Mathieu 或我的工作所達到的預期效果，我們中任何一個人都不能單獨做到，目前還存在如何把一個小規模的項目擴展成一個國際級別項目的問題。Gephi 在國際范圍內意想不到的成功，既是一種幸福，也讓我們憂慮，怎樣做才能避免讓大家失望呢？修改長長的問題列表里的問題，是一件很無聊的事情，但是最終發布新版本卻是令人興奮的。收到用戶負面的反饋讓人很失望，但是在社區里發現新的插件、教程又很讓人興奮。總而言之，我們驕傲人們愿意為Gephi 貢獻源代碼、網站和文檔，這意味著他們愿意和我們一起面對未來的挑戰，Gephi 屬于他們！
正因如此，我很榮幸地向你介紹這本書，并且衷心地感謝ooof 的努力，他贏得了我誠摯的敬意。這是一本填補了國內簡體中文版Gephi 專著空白的Gephi 手冊，它將幫助你理解如何使用Gephi 的基本功能和高級功能。這本書也是在杜一的幫助下一起完成的，他開發了獲取Twitter 數據的插件，在社區里有突出的貢獻，并且贏得了社區的尊敬。由于我不懂中文，我委托一個朋友幫我閱讀了這本書，我發現這本書的16 個章節包含了Gephi 的方方面面，并且每一章都有詳細的解釋和豐富的圖示。Gephi 不如商業軟件那樣“精致”，所以你需要忍受它的一些小問題，并且想辦法克服這些問題。當然，你可以自學Gephi，但是這本書會讓你的學習過程更加容易，并且能夠擴展你在網絡分析上的能力。無論你是初學者還是有經驗的用戶，我相信你會從這本書中獲益。
在這本書中，你會得到很多幫助，例如安裝指南、界面組成、插件安裝、各種不同類型文件的介紹（GEXF、CSV 等）。除此之外，你甚至還可以學到很多Gephi 的高級特性，例如動態網絡和如何使用Gephi Toolkit。更為重要的是，這本書詳細介紹了Gephi 對網絡分析的核心步驟的支持：如何使用布局算法、如何通過過濾網絡來解釋數據、如何合理的利用諸如PageRank 或中心性等統計方法。Gephi 對你來說不再是一個“黑盒子“，它是一個探索工具。因此一定要理解這個道理：Gephi 不同的特性能幫助你更深入地掌握你的數據。這也是這本書最重要的目的。
一旦你掌握了Gephi 的不同特性，一旦你懂得了如何描述和比較網絡的聚類、一旦你能夠發現網絡中的橋接節點和中心節點、一旦你習慣了用幾個小時的時間不斷地過濾網絡來深入理解網絡的結構，你就可以像讀普通的地圖一樣“閱讀”網絡，但一定要謹記：雖然Gephi 本身有豐富的渲染功能，但Gephi 設計的初衷是一個探索的工具，而不是一個普通的制圖工具，即使你能夠通過一張圖就能理解一個網絡，但是在多數情況下其他人由于沒有和你相同的背景知識而無法理解，Gephi 適合作為一個發現模式的工具，而不是作為一個制作漂亮圖，形的工具，除了它能發現復雜性而不是微小的物體外，Gephi 更像一個顯微鏡，而不是照相機。正如各種樂器一樣，對于Gephi，你最初的感覺可能是像小孩一樣想去把玩它，純粹是因為它給你愉悅的體驗，如果這樣的話，我強烈推薦你繼續下去！“把玩”是熟悉一個新技術的第一步，對于剩下的步驟，這本書可以幫助你。
希望你能從本書中獲益，并且在使用 Gephi 進行探索時獲得滿足。
Mathieu Jacomy
@jacomyma
推薦序2
美和易用性
數據有一個“兩難”特性，一方面可以提供詳實佐證，用來為研究提供分析和支持；另一方面，本著“垃圾進，垃圾出”的原則，糟糕的數據可能會誤導結論，讓任何努力都白費。而人們越來越意識到，沒有可視化的方法，越來越多的數據往往會成為負擔，淹沒在無法處置的存儲介質中。
所以可視化成為了有用數據的一個新特性。通過可視化，人們看到了比數字更多的東西。人機交互實驗室的本·施內德曼（Ben Shneiderman）說過：“可視化的目的不是圖形，而是洞察”。劉勇先生比其他互聯網的人士更早認識到這一點，他也正在孜孜不倦地對這個領域進行深入挖掘，直到成為一名數據可視化家。于是這本書的出版比單純地轉譯一本書更有意義，因為讀者會從書中看到他所進行的探索過程，他的努力讓數據處理變得更加易用，更加實用。
數據可視化還有一個美學問題。無論是面向公眾的媒體，還是專業人士，都不能與美學對立。可視化的數據加上精心的設計，最終會讓人們習慣于面對數據，而不是“退避三舍”。這就像欣賞藝術作品一樣，從數據的復雜和繁密中，如果能夠加以合理地呈現，會產生令人激動的震撼效果。我每次參觀Google 公司，都會關注一下接待區域的大屏幕，那里顯示著全球每時每刻的搜索熱點和搜索頻率。2008 年我去探訪時，汶川地震剛剛發生不久，那時候全世界的搜索都集中在對這個地區的關注，以及一些相關的關鍵詞，甚至每個犧牲學生的名字，令人感慨人類社會的密切關系。
還有一些數據可視化地圖，例如“巴拿馬離岸公司調查記錄”、“全球變暖趨勢圖”，已經成為經典的作品，永久地為人類的文明進步提供了可視化的歷史檔案，這就超過了一個工具和一個方案的意義，會讓我們更多地思考科技與人文社會的相互支撐。
這本書可以幫助中文讀者建立一個數據可視化的扎實基礎，但是我更希望讀者掌握技能后能夠思考如何應對更普遍的問題，也就是面對一個大數據的世界，如何成為未來的首席數據官（CDO）。在未來我們需要更多的首席數據官，因為任何社會過程都必須針對數據開展。而如果我們不能掌握利用數據的方法和規律，將很快陷入與機器競賽處理能力的怪圈中。相反，如果我們可以透過數據看到比機器處理的更多含義，人類本身的價值就會保持得更長久。
毛向輝
哈佛大學伯克曼互聯網與社會中心研究員
推薦序3
迷人的網絡科學，迷人的Gephi
與劉勇相識于開智社群。開智社群是我創辦的一個聚集跨界終身學習者的學習型社區。在這個社群中，我提出了五大“元學科”的理念。如果將知識理解為大海，在任何一個世紀，都存在著一些優先級別更高的學科，視為“元學科”。潺潺溪流，肆意大海，更多學科由此生發。在某種意義上，“元學科”是學科的學科；知識的知識；方法的方法；技能的技能。在21 世紀，最重要的五大“元學科”分別是網絡科學、認知、神經、心理科學、計算機科學、數學與詩學。
其他學科也許大家都熟悉，但網絡科學卻是一個陌生的學科。網絡科學致力于研究節點（node）和邊（edge）組成的網絡。節點可以從個體、組織到國家，也可以從分子、基因到網頁、地點；同樣，邊可以是人際關系、組織關系與國家關系，也可以是從神經網絡、網頁引用到交通網絡。
20 世紀最重要的“元學科”是進化論，正是進化論給每個人帶來了重要的思想變革。從此，人類開始注重演化的力量，第一次意識到自己原來僅僅是承載基因的載體。網絡科學就是21 世紀的進化論。從此，人類開始注重結構、涌現、分形、尺度，第一次意識到原來世界不僅僅是線性因果。我們開始從亞里士多德邏輯學到多值邏輯；從頻率主義到貝葉斯主義；從客觀主義到體驗主義；從發現物理法則到理論推演出模型。
每一年網絡科學研究者都會歡聚一堂，舉辦《NetSci 大會》及暑期班，幫助更多的年輕學者學習網絡科學。而在歷屆會議與暑期班上，你都會注意到一個軟件——Gephi。在不少的網絡科學會議上，都邀請了Gephi 作者們來授課。
Gephi 致力于網絡科學，正如SPSS 致力于之于社會科學。你當然可以學習編程，從零開始編寫代碼，掌握復雜的社會科學統計模型。但SPSS 提供了一個簡單而強大的套包，幫助你應用回歸分析、方差檢驗這些統計模型。如果說傳統回歸分析等統計技術關心的是個體層面各類屬性的統計技術，那么網絡科學則致力于分析關系數據。從個體數據到關系數據，你需要新的軟件來處理。Gephi 就是你應該掌握的利器。
Gephi 不僅能處理大規模網絡數據集，如GEFX、GraphML、GML 等。它還支持主流網絡科學算法，既可以在節點層面對網絡屬性進行統計分析，也可以使用不同布局算法，對網絡進行可視化處理，還可以對動態網絡進行模擬分析。借助于Gephi 的插件機制，你還可以擁有更多強大的功能來對網絡數據進行可視化分析。
很高興看到劉勇與來自中國科學院計算機網絡信息中心的數據可視化專家杜一通力協作，在Gephi 軟件創始人Mathieu Jacomy 的支持下，出版了關于Gephi的專著。在過去的幾年中，劉勇與杜一投入了大量的時間，推動Gephi 在國內的普及，比如劉勇開設網站，展現各種精美的Gephi 數據可視化圖表，激發人們的學習興趣，還開設課程，幫助新手盡快上手Gephi ；杜一則為Gephi 寫過一款采集Twitter 數據的插件。他們是當之無愧的Gephi 專家。相信這本書將幫助你快速了解并掌握Gephi。本書介紹了Gephi 的歷史，并以圖文并茂的方式講解了Gephi 的安裝和各種操作流程，還擴展了Gephi 的一些高階技巧。
Gephi 對于那些不會編程，但又希望快速上手網絡科學的讀者來說是一個利器。當然，如果你希望編寫自己的代碼，甚至設計更復雜的模型來分析網絡數據，還可以通過擴展Gephi 的源代碼，或者編寫新的Gephi 插件來實現。基于Python的開源軟件Networkx 與基于C 語言的開源軟件iGraph 也是不錯的選擇。前者可以參閱我的譯作《社會網絡分析：方法與實踐》。
網絡科學作為一門交叉學科，為你提供了一個觀察世界的全新視角。希望各位讀者能借助此書更快地上手Gephi，理解網絡科學之美。
陽志平
安人心智科學總監＆ 開智文庫出品人
前言
關于Gephi
Gephi 用于處理任何能夠表示為節點和邊的網絡數據，比如社會、社交關系、信息節點、生物、生態、物理等網絡的數據。這些網絡數據在Gephi 中會以符合圖論對于圖定義的形式表示。Gephi 把網絡數據轉換為圖以后，就可以用圖論的術語、規范對圖進行基本的描述，比如節點與邊的數量、有向圖或無向圖、邊有權重或無權重、是否多圖等；也可以進行基本的計算，比如節點的度、圖的平均度、圖密度、圖的直徑與半徑、圖的連通度、兩點間的最短路徑、圖的平均路徑長度等。在這些基本定義的基礎上，就能夠用網絡科學的方法對其進行分析與處理：一種是對圖進行網絡特性的統計分析，包括節點的介數中心度、親密中心度、離心度、PageRank、特征向量中心度、節點與網絡的平均聚類系數，以及圖的連通分量及模塊化劃分；另一種是通過不同方式的布局，對圖進行可視化處理，然后對圖進行解讀與分析；還有一種是通過對生長網絡的動態模擬進行解“讀”與分析。
關于本書
本書由發布在網上（www.udemy.com/gehpi）的《Gephi 中文教程》經整理、改編、擴充、升級而成。“Gephi 中文教程”是目前國內一套系統、完整地介紹Gephi 使用方法的MOOC 課程，在制作上力求簡潔而具體地描述各主要操作環節的關鍵步驟，能夠使任何專業的學習者都可以較容易地掌握。教程2012 年2 月發布以來，至今已有將近13000 人報名學習，且人數還在不斷增加，其中不乏來自高等院校、研究機構、新媒體的學習者。
本書在“Gephi 中文教程”的基礎上，基于目前最新的Gephi 0.9.1 版全新改寫，不僅擴充了大量內容，而且更加深入。另外，為適應紙質載體的性質而采用圖文并排的方式進行介紹。目的是希望讀者在即使沒有打開，甚至在沒有安裝Gephi的情況下，仍然可以充分地了解Gephi 的功能及操作方式。
本書的內容大致可以分為3 個部分。
第一部分是Gephi 簡介，包括第1 章和第2 章。第1 章主要介紹Gephi 是做什么的、Gephi 的特性和簡史，有Gephi 兩位開發者的對話。在對話中Gephi 創建者Mathieu Jacomy 闡述了創建Gephi 的原因、在關鍵技術選型中的思考、開發Gephi 所遵循的原則等，也探討了Gephi 的本質問題。整個對話生動地描述了Gehpi 誕生的歷程，雖然是談論一個技術產品，但充滿了人文氣息。第2 章介紹了如何安裝Gephi 及相應的Java 支持環境。
第二部分是Gephi 的基本操作，包括第3 章到第10 章。第3 章介紹了Gephi大體的操作流程；第4 章介紹了Gephi 的圖窗體，包括在圖窗體中的操作工具；第5 章是對Gephi 所使用數據的介紹；第6 章到第9 章介紹了Gephi 的4 個重要的圖處理功能；第10 章介紹了Gephi 的輸出與預覽的操作。通過學習這部分內容，就可以完成Gephi 操作的一個完整流程了。
第三部分是Gephi 擴展操作的介紹，包括第11 章到第16 章。第11 章到第15 章介紹節點、邊與標簽顏色的選取，空間的表示方法，CSV 的相關操作，動態數據的處理、插件的管理；第16 章介紹了對Gephi 進行二次開發的方法，包括改進Gephi 代碼、開發Gephi 插件、利用Gephi 工具箱開發獨立程序的方法。
致謝
網站上的“Gephi 中文教程”的第一節課程于2012 年2 月20 日發布，從課程發布至今，獲得了眾多人士的幫助與支持，對于所有幫助和支持的人士表示感激。
感謝各位陪同“Gephi 中文教程”走過的時光，“Gephi 中文教程”能一路走到現在，也有賴于很多人的幫助。感謝Isaac Mao，他是一個有遠見又對細節有深刻思考的人，是他早在2010 年的時候就提示我可以了解一下Gephi，才使我開始對Gephi 進行探索，也開始了對數據可視化的關注。Isaac Mao 其實在很早的時候就關注了Gehpi，他在Google 閱讀中也分享過Gephi 在一些事件（事物）上的應用。
感謝分享實驗室中的兩位同伴，Clement Renaud 和苑明理。ClementRenaud 在我制作PPT 或拍攝視頻碰到問題時，總能提供及時而有用的幫助；苑明理在筆者表述與技術有關的問題時，發現有錯誤就會快速而直接地提出來，正因他的及時糾正使筆者免于犯一些錯誤。
感謝兩位Gephi 開發者，杜一和Yudi Xue。他們在筆者學習Gephi 的過程中給予了很多指導，提出了很多建議。
感謝統計之都的陳麗云，她也與我分享過一些Gephi 有關的經驗，拓展了我對于Gephi 的很多認識。
感謝開發者Gabe，是他分享的代碼，使我親自挖掘到了數據，并對進一步的使用增加了很大的信心。
感謝Smile，在我早期準備教程時，Smile 不僅看了很多底稿，還提供了大量的修改建議，并給了我第一次向他人介紹Gephi 的機會。
感謝Oliver Ding（丁健），恰好在Gephi中文教程將要制作完成時，發起了“2012年中文網志云年會”，推出了“中文網志大學”，并把“Gephi 中文教程”列入第一批開放課程，使學習Gephi 的人越來越多；另外更重要的是也使“Gephi 中文教程”像是坐上了一艘更大的船，航行起來駛得更遠。
感謝杜一接受邀請，撰寫了本書的第16 章，介紹了3 種不同的二次開發的方法。檢查了全書內容，尤其是布局、統計等重要的章節，并提出了很多寶貴的修改建議。
感謝那些重視Gephi 的組織和人們，他們在給予我幫助的同時也使更多的人獲得了了解Gehpi 的機會：感謝ICCD 國際傳播促進中心以及吳薇女士等；人大經濟論壇以及趙堅毅老師；長策智庫以及盧宜宜女士；北京中醫藥大學信息中心以及馬星光老師；中國美術學院跨媒體藝術學院與網絡社會研究所以及推薦者周曙光老師；武漢大學鏑次元數據傳媒實驗室以及劉真女士等。
感謝楊磊館長推薦在2013 年“智慧城市：北京國際設計周”參展。感謝王晴邀請我參與小日子及活動家可視化產品的設計。感謝上海外國語大學吳瑛老師提供的數據分析協作的機會。感謝安人心智的陽志平老師對我寫作的鼓勵與支持，并安排李璧琴女士組織開智翻譯團隊翻譯本書第1 章中關于Gephi 開發者訪談的內容。感謝電子工業出版社的高洪霞編輯在紛繁的網絡中發現了Gephi，并促成了這本書的誕生。感謝那些創造了眾多美好的應用（XML、CSV、圖論等），分享很多不同格式的圖形文件的人們，如果沒有他們的存在以及他們創造的應用，Gephi也不會如此美好。
感謝我的親人們對我寫作的關注，感謝我母親無私地為我付出那么多。感謝我女兒在我最早錄制視頻教程時，就聽我講了很多事情和此起彼伏的演進過程，我希望她能從中更多地看到事物之間是如何關聯的，也能更好地找到自己的成長路徑。
感謝Gephi 的開發者們，在漫長的歲月中持之以恒地雕琢這款作品。
感謝那些位于網絡科學前沿的研究者們，是他們的不懈追求才使得更深入的網絡發現不斷地涌現，照耀人類過去與未來的路。
感謝正在或將要讀到這本書的人們。感謝“Gephi 中文教程”的學習者，每當意識到你們的存在，總能使我增添更多制作“Gephi 中文教程”的動力。很多時候，在我的腦海中經常閃現出一幅圖，是不同的連線跨古至今使我們融為一體，而我們自己僅僅是其中的一個連接點，但我們每個人都可以與更多的節點建立聯系。
而整體上，這個世界上的各種事物，有形的甚至是無形的，也都有可能建立更多的聯系，疏導更多的信息與能量的流動，自發形成正（真）氣流暢，而淤氣自消的形態，并曲線優美地演進著。而對于具體的情形，也許我想說：“我們如果有更好的連接方式，可以形成更好的演進關系，這正好像Gephi 圖形的優美源于連線對節點的貫穿。”隨著網絡科學的深入發展，必將不斷深刻地揭示各種社會與自然網絡運行的規則，理解與掌握這些規則，會使人們更多地了解世界是如何運行的，也能在做選擇的時候有更多的參照。所以，也希望與關注世界變化的人們一起，或者可以借著Gephi，對網絡科學有更多的了解與認識，從而為更好地改善世界做準備。
要感謝的人實在太多，再次感謝幫助和支持我的各位，謝謝大家！
聯系反饋
歡迎各位讀者對本書提出寶貴的批評，可以通過以下方式提交。 |
內容簡介：Gephi 是一款網絡分析領域的數據可視化處理軟件，開發者對它寄予的希望是成為“數據可視化領域的Photoshop”。本書介紹了Gephi 的運行方式及操作方式，可以使讀者獲得應用Gephi 進行數據可視化的能力。本書簡潔明了、通俗易懂、多配圖（包括原理示意圖、程序運行圖、數據可視化圖形），既是可視化工具Gephi 的操作手冊，也是一本網絡科學的入門手冊。對數據分析、可視化感興趣的人員、工程技術人員、媒體研究者，以及希望進入數據可視化領域的程序員，都可以通過閱讀本書來學習Gephi 的相關知識。 |
目錄：第1 章 Gephi 簡介 1
1.1 Gephi 是做什么的 2
1.1.1 Gephi 分析怎樣的“網絡” 2
1.1.2 Gephi 怎樣“分析”網絡 3
1.2 Gephi 基本情況 3
1.2.1 Gephi 特性 3
1.2.2 Gephi 開發簡史 4
1.2.3 Gephi 的基本鏈接 4
1.3 Gephi 創始人訪談：符號學的重要性 4
第2 章 Gephi 的安裝 13
2.1 下載Gephi 14
2.2 安裝Gephi 16
2.3 Java 運行時環境管理 20
2.3.1 Gephi 需要Java 運行環境的支持 20
2.3.2 檢查Java 版本 21
2.3.3 Java 的下載與安裝 22
2.3.4 Java 虛擬機無法啟動的處理 26
第3 章 Gephi 的界面與編輯工具 27
3.1 Gephi 的啟動界面 28
3.2 Gephi 主界面 29
3.2.1 圖窗體 29
3.2.2 4 個編輯工具的位置 30
3.3 4 個編輯工具的基本介紹 31
3.3.1 布局 31
3.3.2 統計 32
3.3.3 外觀 32
3.3.4 濾波 32
3.4 Gephi 的整體操作流程 33
第4 章 圖窗體的編輯工具和設置工具 35
4.1 圖窗體編輯工具 37
4.1.1 全屏顯示 38
4.1.2 鼠標選取范圍尺寸調整 41
4.1.3 單選 43
4.1.4 矩形選取 44
4.1.5 移動 45
4.1.6 單節點涂色 46
4.1.7 節點大小調整 47
4.1.8 關聯節點涂色 49
4.1.9 新建節點 50
4.1.10 新建邊 51
4.1.11 節點距離（最短路徑） 52
4.1.12 節點范圍（距離涂色） 53
4.1.13 節點屬性 55
4.2 圖窗體設置工具 56
第5 章 數據 66
5.1 Gephi 圖形的記錄方式 67
5.1.1 圖形實例 67
5.1.2 圖形在文件中是如何存儲的 67
5.1.3 圖形在Gephi 數據資料界面中如何記錄 68
5.2 數據資料的輸入 69
5.2.1 輸入節點 69
5.2.2 輸入邊 71
5.3 CSV 數據的導入與導出 73
5.3.1 節點CSV 數據 74
5.3.2 邊CSV 數據 77
5.4 隨機圖生成 78
5.5 動態數據 80
第6 章 外觀 82
6.1 節點 85
6.2 邊 89
第7 章 布局 91
7.1 布局的基本操作界面 92
7.2 默認布局 95
7.2.1 Force Atlas 布局 96
7.2.2 Force Atlas 2 布局 97
7.2.3 Fruchterman Reingold 布局 98
7.2.4 Noverlap 布局 98
7.2.5 OpenOrd 布局 99
7.2.6 Rotate 布局 99
7.2.7 Yifan Hu 布局 99
7.2.8 Yifan Hu 比例布局 100
7.2.9 擴展/ 收縮布局 100
7.2.10 標簽調整布局 101
7.2.11 隨機布局 101
7.3 6 種力引導布局的比較 102
7.3.1 使用Force Atlas 布局 103
7.3.2 使用Force Atlas 2 布局 103
7.3.3 使用Fruchterman Reingold 布局 104
7.3.4 使用OpenOrd 布局 105
7.3.5 使用Yifan Hu 布局 105
7.3.6 使用Yifan Hu 比例布局 106
第8 章 過濾 107
8.1 過濾的操作界面 108
8.1.1 4 個與過濾有關的工具 109
8.1.2 過濾的分類選擇工具 110
8.1.3 過濾的查詢工具 110
8.2 過濾的使用方法 111
8.2.1 動態 111
8.2.2 屬性 112
8.2.3 拓撲 117
8.2.4 操作分類 137
8.2.5 邊 145
第9 章 統計 151
9.1 統計的界面 152
9.2 統計的運行方式 156
9.3 統計的介紹 161
9.3.1 網絡概述 161
9.3.2 節點概述 183
9.3.3 邊概述 185
9.3.4 動態 188
第10 章 Gephi 的預覽界面 193
10.1 預覽顯示區操作區域 194
10.2 預覽顯示區底部工具區域 194
10.3 預覽設置區底部工具區域 195
10.4 預覽設置區操作區域 199
第11 章 Gephi 的顏色選取工具 203
11.1 Choose a Color 204
11.1.1 HSB 205
11.1.2 RGB 211
11.1.3 Hex 212
11.2 節點、邊、標簽的顏色設置 213
11.3 顏色漸變選取條 216
11.3.1 漸變選取的作用 216
11.3.2 顏色定義點的添加與刪除 217
11.3.3 顏色定義點顏色的選取 218
11.4 分區 219
11.5 多選項卡的顏色選取框 220
第12 章 Gephi 空間坐標 222
12.1 Gephi 的X、Y、Z 空間坐標 223
12.2 編輯節點的坐標 224
第13 章 CSV 與Gephi 227
13.1 什么是CSV 228
13.2 從什么地方可以得到CSV 229
13.3 創建一個CSV 文件導入到Gephi 229
13.4 舉例：創建“西游記愛慕關系CSV 數據”并導入到Gephi 230
13.4.1 在Excel 中創建節點與邊的數據 230
13.4.2 導出為CSV 文件 231
13.4.3 導入到Gephi 中 232
13.5 Gephi 對特殊格式的CSV 文件的支持 235
13.5.1 特殊格式一 236
13.5.2 特殊格式二 237
13.5.3 特殊格式三 237
13.6 Gephi 對矩陣形式的CSV 文件的支持 238
第14 章 動態圖 240
14.1 用動態圖實現兩個例子 241
14.1.1 例子1——生命 241
14.1.2 例子2——婚姻關系 241
14.2 Gephi 動態數據的特性 242
14.3 編輯節點和邊的動態數據 243
14.3.1 生命數據的編輯 243
14.3.2 婚姻數據的編輯 244
14.4 動態展示 245
14.4.1 基本展示方法 245
14.4.2 動態數據設置方法 246
第15 章 Gephi 的插件管理 248
15.1 舊版Gephi 商店介紹 249
15.2 新版Gephi 商店介紹 254
15.3 Gephi 插件管理程序 255
第16 章 Gephi 編程 259
16.1 參與Gephi 開發 260
16.1.1 獲取Gephi 源代碼 260
16.1.2 編譯Gephi 源代碼 266
16.1.3 修改Gephi 源代碼 268
16.2 開發 Gephi 插件 269
16.2.1 Gephi 源代碼概述 269
16.2.2 開發一個Gephi 布局插件 271
16.3 Gephi Toolkit 279
16.3.1 Gephi Toolkit 介紹 279
16.3.2 使用Gephi Toolkit 開發自己的圖應用程序 280
附錄A 代碼 286
附錄B 為Gephi 提供算法基礎的論文 296 |
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